Эмиль Мюнье родился в Париже. Его отец, Пьер Франсуа Мюнье, был художником-обойщиком в мануфактуре Гобеленов, а его мать, Мария Луиза Карпентье, была полировщицей на суконной фабрике. Эмиль и два его брата, Франсуа и Флоримон, были талантливыми художниками и проработали некоторое время в мануфактуре Гобеленов.
Эмиль посещал курсы рисунка, живописи, анатомии и химии. Преподавателем по классу рисунка был Абель Лукас, с которым Эмиль очень подружился, а впоследствии женился на его дочери Генриетте в 1861 году. Продолжая работать, Мюнье стал изучать академическую живопись.
В течение 1860-х годов Мюнье получил три медали в Национальной высшей школе изящных искусств, а в 1869 году он выставился в Парижском салоне.
Его дети, Анри и Мари Луиза были его основным вдохновением для трогательных жанровых рисунков.
В течение 1890-х годов Мюнье продолжал писать крестьян и создавать картины на мифологические и религиозные темы; также он изображал животных, сцены рыбной ловли, пейзажи и марины. Во многих своих работах в качестве модели он использовал своих детей; в частности, свою дочь.